长期高油、高脂饮食，吃太多肉，植物类食物吃得少，会导致肠道中的坏细菌增多、好细菌减少，肠道产生的毒素增加，保护能力下降。此时，人体免疫系统就会介入，身体开始“发炎”。这种慢性炎症会引起脂肪异常堆积、肥胖，进而诱发胰岛素抵抗、动脉粥样硬化等改变，增加糖尿病、冠心病、神经退行性疾病、癌症等患病风险。
不注意饮食卫生细菌，尤其是致病菌，在适宜的温度下，再有营养丰富的培养基（食物），它们就大肆生长，造成食物中细菌成千倍、成万倍地增多。如果平时饮食不注意卫生，进食了被细菌污染的食物，就使得进入肠道的坏“过路菌”数量远超过“常驻菌”，这些坏细菌得势后，通过侵袭肠道黏膜、释放细菌毒素使机体的体温升高，引发腹泻等各种疾病。
吃太多加工食品这类食品往往经过精细加工，缺乏有益肠道蠕动的膳食纤维，不利于有益菌的生长繁殖，从而导致有害菌繁殖过快。有些加工食品中盐的含量比较高，吃太多容易使胃肠道内形成高渗透压环境，使肠道内水分无法被吸收，从而引起肠道问题，导致菌群失衡。
喝酒抽烟研究发现，长期饮酒改变肠道微生态，导致有害菌大量生长，削弱了有益菌对肠黏膜的保护作用。吸烟几乎损害身体的每一个器官，是导致炎症性肠病最重要的环境风险因素之一，而戒烟可以增加肠道菌群的多样性。
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