柯南大结局名字叫：黑暗组织的秘密。
随着调查的深入，黑暗组织逐渐现形，工藤优作因发现组织的庞大而拜托国际刑警插手；在日本警方及科南的协助下几次阻止了其活动，黑暗组织决定报复；黑暗组织偷袭了阿笠博士的家，捉住了少年侦探团，并留下了要工藤新一独自前往营救的暗示。
在黑暗组织的总部，Gin发现了哀的真实身份并以少年侦探团的生命要挟其制作缩小药的解药；早已深思熟虑的哀在一天内制作出解药和假死丸，并巧妙的将胖子的毒药换成假死丸；Gin果然在得到解药后命胖子杀死阿笠及少年侦探团。
