民办非企业法人变更程序为：
1、业务主管单位初审。业务主管单位初审同意后，出具同意变更的文件或在社团提交的变更登记书面申请和变更登记表上签署意见并加盖公章。
2、登记机关受理。申请人提交的申报材料齐全、有效后，方可受理。
3、登记机关审查。审查提交的文件的真实性、合法性、有效性，并核实有关登记事项和条件。
4、登记机关核准。经审查和核实后，作出准予登记或者不予登记的书面决定，并及时通知申请登记的社会团体。
5、登记机关发证。对核准变更的社会团体，颁发有关证书，并办理领证签字手续。
6、登记机关公告。对核准变更的社会团体，由登记管理机关发布公告。
变更法定代表人应提交的材料
1、法定代表人签署并加盖公章的变更登记申请书，申请书应载明变更的事项、变更的理由，法定代表人或负责人因故不能签署变更登记的申请书的，申请单位还应提交不能签署理由的文件；
2、民办非企业单位理事会依照章程规定程序决定变更的会议纪要；
3、业务主管单位对变更事项审查同意的审批文件及执业许可证；
4、法定代表人签署并加盖公章的民办非企业单位变更登记表（根据变更事项一事一表）；
5、法定代表人登记表；
6、财务审计报告；
7、变更后的章程草案；
8、民办非企业单位章程核准表。
9、行政许可申请书。
综上所述，民办非企业法人变更，业务主管单位初审同意后，出具同意变更的文件或在社团提交的变更登记书面申请和变更登记表上签署意见并加盖公章。
【法律依据】：
《中华人民共和国公司法》第十三条
公司法定代表人依照公司章程的规定，由董事长、执行董事或者经理担任，并依法登记。公司法定代表人变更，应当办理变更登记。
