1、典型的热带雨林气候，年平均温度25-27℃，无四季分别。北部受北半球季风影响，7-9月降水量丰富，南部受南半球季风影响，12月、1月、2月降水量丰富，年降水量1600-2200毫米。
2、印尼河流众多，水量丰沛，但都比较小。较大的河流有爪哇岛的梭罗河以及加里曼丹岛的巴里托河、卡普阿斯河、马哈坎河，其中梭罗河全长560公里。较大的湖泊有多巴湖、马宁焦湖、车卡拉湖、坦佩湖、托武帝湖、帕尼艾湖等，其中苏门答腊的多巴湖为印尼第一大湖。
