1、正确处理好新老法定代表人之间的关系。
对单位法定代表人进行离任审计，审计人员面临的一方是即将离任者，另一方是即将接任者。作为原法定代表，希望审计部门对自己在任期内的工作有一个好的评价。而新的法定代表人出于对自己今后工作的考虑，可能双方出发点不同，在一些问题上往往会产生不同的意见和分歧。如对某乡镇离任审计，截止离任日账面结余46万元，实际，银行存款及现金结余才2万多元，账面及实际相差40万多元的主要原因是由于会计没有及时向会计核算中心报帐形成。在这种情况下，作为审计人员既要做到客观公正，同时也要做耐心的解释工作，使离任者走个清楚，接任者接个明白。
2、正确处理好审计与被审计的责任。
近年来，随着公共财政的逐步完善，财政监督力度的明显加强，经济活动中违法违纪行为更为隐蔽，造假的技巧更加高明，会计资料失真严重，审计人员稍有疏忽，就无法揭示被审计单位财务收支不实和资产、负债、损益虚假的情况，造成审计判断错误，严重影响到审计结论的客观公正性，形成了审计风险。如，对某单位离任审计中，发现以会议费为名变项列支招待费2万多元，发现收入不入帐，形成“小金库”4万多元。针对上面情况，我们采取了在审计实施前，要求被审计单位会计就所提供的会计资料作出“承诺”，让他们承担资料真实性，完整性的会计责任;在审计实施阶段，主要通过财务及相关资料发现和查证问题，而有些违法违纪问题不一定就在会计资料中明显反映，我们就进行深入调查核对，确保把问题查清查透。
3、正确处理好审计与调动的关系。
按有关规定，单位法定代表人离任，必须坚持先审计后调动，但在实际工作中，往往是审计还没开始，组织或人事部门已将原法定代表人调离。这样，就使离任审计失去了应有的作用，对干部的评价失去一个主要的客观依据。同时，也降低了审计权威性。因此，组织人事部门必须与审计部门密切配合，处理好审计与调动的关系，坚持要在审计部门提供审计报告后，再决定单位法定代表人是否调离。
搞好离任审计工作除了处理好以上几种关系外，领导的重视和支持是搞好离任审计不可缺少的前提;被审计单位和有关部门也要理解，支持和配合离任审计工作，审计部门坚持行使审计监督职能，是搞好审计工作的关键;培养一支政治强、业务精、纪律严、作风正的审计干伍，是搞好离任审计的保证。
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