港澳通行证1年一次签注和3个月一次签注的不同只在于有效期。
1年一次的有效期是一年，3个月一次的有效期是3个月。1年一次，指的是本次签注有效期为一年。一年过去，这次签注还没有使用，那么想要使用就必须重新续签才行。并不是一年只能去一次的意思。1年一次，当在一年之内这一次有效签注已经使用，那么这一次的签注就已经不再能使用，须得重新续签才可以再次使用。也就是说一年其实是可以去很多次的。
深户办理港澳通行证的流程如下：
1、上网申请。申请人登陆出入境网上申请系统，根据提示填报个人基本信息及申请办理类别；预约前往出入境办理厅递交材料的时间；
2、前台面见、验核材料。申请人按照网上申请时的预约时间和地点，前往机关出入境管理部门递交、验核申请材料并缴费；
3、领取证件。申请人可选择邮寄、或到递交申请材料的出入境办理大厅领取。
需要的材料：
1、交填写完整的《中国公民出入境证件申请表》1份，申请人近期正面蓝底光面彩色照片1张，并提交照片回执；
2、提交申请人居民身份证及复印件；在居民身份证领取、换领、补领期间，可以提交临时居民身份证及复印件；
3、国家工作人员（登记备案人员）应当按照有关规定，提交本人所属工作单位或者上级主管单位按照人事管理权限审批后出具的同意出境的证明。现役军人申请往来港澳通行证及签注，按照管理权限履行报批手续后，向出入境管理支队提出申请；
4、未满16周岁的申请人应当提交监护证明（如出生证明、户口簿等），以及一方监护人的居民身份证或护照等身份证明及复印件；未满16周岁的申请人应当由监护人陪同申请；监护人无法陪同的，可以委托他人陪同，但还应当提交监护人委托书，以及陪同人的居民身份证或护照等身份证明及复印件；
5、提交与申请事由相关的证明材料。
综上所述，3月一次，也并不是代表三个月才能签一次。只是说这一次的签注有效期就是三个月，也就是说这三个月里你的签注没有用完，那么过期自动作废。想去必须再次重新续签，用完即可再次续签。3月一次是为了方便通行证快要过期的朋友，当通行证有效期不足一年时，只可选择三月一次或三月两次。
【法律依据】：
《中国公民因私事往来地区或者澳门地区的暂行管理办法》第十二条
经批准前往、澳门定居的内地公民，由机关出入境管理部门发给前往港澳通行证。持证人应当在前往、澳门之前，到所在地派出所注销户口，并在规定的时间内前往、澳门。经批准短期前往、澳门的内地公民，发给往来港澳通行证。持证人应当在规定时间内前往并按期返回。
