学费不同：三本学费高昂。沿海地区三本学费大都在1万/年以上，四川部分地区三本学费在6500-8500之间。相比较于二本3000至4000左右的学费，是相当昂贵。但往往并不能说是“物有所值”。三本高昂的学费上缴并不能带来优质的教学硬件设施，也很难带来优秀的教师资源。高昂的学费接收到的学生往往是高中没有好好对待的官宦子弟或比较富裕家庭子弟。
教学环境不同：三本校舍大都陈旧，规模极小，学生难以享受到真正的大学生活。因为是校方懂事出钱，资金的不雄厚与盈利的根本目的，投资基本上会做到最底。也没有考虑长远的打算来建设学校。尤其在教学的硬件设施上，99%%的三本学校校舍规模小，有些地方三本院校是甚至没有自己的学校教学基地，靠租地方来教学。这种学校的学生归属感低。就好比民办高中与公办高中学生感觉一样。三本院校的建设往往比不上民办类大学的基础建设。比如西安有所财经院校的学校建设在山上了，基础设施不完善。二本学校是国家出钱。校园基础设施健全。
教师队伍不同：三本学校的教学队伍弱，三本类学校的研究能力为零。评价大学教学队伍这一软件设施基本是看大学的研究能力。可在三本类院校里，没有研究生院，没有硕士学位点，因此没有任何研究能力可言。三本类学校的教学队伍大都依靠二本师资。但二本师资力量往往不足以满足三本教学。于是新招收的老师中往往非常年轻，资历尚浅，基本没有什么社会经验与教学经验。因此吃亏的便是学生了。更甚至，三本学校的老师有的竟然没有取得硕士学位。至于软件--教师水平和学校教学质量就参差不齐了，有的是外聘名校老师，有的是返聘退休教师，还有的干脆就是直接招聘其他学校的本科和硕士毕业生。但是更多的三本院校是以营利为主要目的，所以师资力量都非常薄弱。有证据已经表明：三本学校的教师队伍里，很大一部分是本科毕业生。在二本学校里，这种现象不可能出现。最低的教师学历要求都已经是硕士学位。
有无助学贷款：三本学校的学生并不能享受国家的无息助学贷款。这就给困难学生家庭与来自贫困地区的学生带来了困难。如果你在国家办的二本类及重点院校里，哪怕你读的是专科，只要你申请，是完全可以在大学入学时申请国家的无息助学贷款，顺利完成大学学业。助学贷款不针对三本类学生的。国家正规大学的学生(含专科)，最高可以无息贷款1.8万。
社会地位不同：三本学生的社会地位普遍较低。笔者曾经采访过几所三本学校的毕业与为毕业学生。大多数学生坦言，曾遭受过社会歧视。归属感较低。
就业难易程度不同：三本学校的学生就业非常非常困难。就业是所有本科类院校的灵魂所在。是大学教学的最终目的。三本学校并非国内公办大学，而是民办大学。目前，国企基本不会招三本学生的。三本学校还没有成熟到完全的本科院校。三本是随着教育机构增多而出来的低端教育，社会上绝大多数的公司还不认同三本学生的本科教育。三本学生目前遇见的找工作的情况非常尴尬。有效就业情况基本为零。注意，不是指800块一个月的工作。
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