有影响，现在都是两证合一，一本驾照不管是摩托车还是汽车违规都扣一本的分，摩托扣分就是扣得驾照分。
如果摩托车违章扣分了，不会影响考驾照，但是你买新汽车上牌时，如果摩托车的车主名字与你汽车的车主名字一致的话，就会影响上牌，要先把摩托车的违章消掉才行。
摩托车违章如果是是一般超速或闯灯，只要交纳罚款就行了。
如果摩托车违章情节严重，已经违反道路交通安全法律、法规的规定，发生重大交通事故，构成犯罪的，依法追究刑事责任，并由机关交通管理部门吊销机动车驾驶证。造成交通事故后逃逸的，由机关交通管理部门吊销机动车驾驶证，且终生不得重新取得机动车驾驶证。
但是如果不及时接受处罚的话：
法律依据：《道路交通安全违法行为记分分值》第一条 机动车驾驶人有下列违法行为之一，一次记12分：
(一)驾驶与准驾车型不符的机动车的;
(二)饮酒后驾驶机动车的;
(三)驾驶营运客车(不包括公共汽车)、校车载人超过核定人数20%以上的;
(四)造成交通事故后逃逸，尚不构成犯罪的;
(五)上道路行驶的机动车未悬挂机动车号牌的，或者故意遮挡、污损、不按规定安装机动车号牌的;
(六)使用伪造、变造的机动车号牌、行驶证、驾驶证、校车标牌或者使用其他机动车号牌、行驶证的;
(七)驾驶机动车在高速公路上倒车、逆行、穿越分隔带掉头的;
(八)驾驶营运客车在高速公路车道内停车的;
(九)驾驶中型以上载客载货汽车、校车、危险物品运输车辆在高速公路、城市快速路上行驶超过规定时速20%以上或者在高速公路、城市快速路以外的道路上行驶超过规定时速50%以上，以及驾驶其他机动车行驶超过规定时速50%以上的;
(十)连续驾驶中型以上载客汽车、危险物品运输车辆超过4小时未停车休息或者停车休息时间少于20分钟的;
(十一)未取得校车驾驶资格驾驶校车的。
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