处理借条上的借款数额瑕疵的办法：由当事人依法订立补充协议，补正该瑕疵；由当事人之间协商予以变更；或者依法申请仲裁，请求仲裁机构予以变更；或者依法向提起诉讼。
【法律依据】
《民法典》第五百一十条
合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充；不能达成补充协议的，按照合同相关条款或者交易习惯确定。
第五百四十三条
当事人协商一致，可以变更合同。
第五百四十四条
当事人对合同变更的内容约定不明确的，推定为未变更。
《中华人民共和国仲裁法》第二条
平等主体的公民、法人和其他组织之间发生的合同纠纷和其他财产权益纠纷，可以仲裁。
《中华人民共和国民事诉讼法》第六十四条
当事人对自己提出的主张，有责任提供证据。
第一百二十条
起诉应当向人民递交起诉状，并按照被告人数提出副本。
