医保自费1000才能用，是因为设置了医保起付线。由于医疗保险主要由地方。受制于当地的经济发展水平，各地的起付线标准各不一样。起付线标准主要与医院的等级挂钩，一级医院的起付线最低，三级医院的起付线最高，二级医院的起付线居中。部分城市也增设异地医院的起付线标准，高于本地三级医院的起付线。
医疗保险的报销流程：
1、办理人提交报销单据等材料到社保机构受理；
2、受理部门自收到申请材料，进行审核，结算，支付工作；
3、社保机构批准申请的，申请人领取社会医疗保险医疗费报销单后，予以报销。
以下医疗费用不予报销：
1、未经批准在非定点医疗机构就诊发生的医疗费用；
2、自杀、自残的（精神病）除外；
3、打架、斗殴、酗酒、吸毒及其他因犯罪或违反治安管理所致伤病的；
4、交通事故、意外伤害、医疗事故等；
5、因美容、矫形、生理缺陷等进行治疗的；
6、属于工伤保险（含职业病）或生育保险支付范围的；
7、国家和省市医疗保险规定的其他不支付费用情形。
法律依据：《中华人民共和国社会保险法》第二十六条
职工基本医疗保险、新型农村合作医疗和城镇居民基本医疗保险的待遇标准按照国家规定执行。
第二十
符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准以及急诊、抢救的医疗费用，按照国家规定从基本医疗保险基金中支付。
第二十九条
参保人员医疗费用中应当由基本医疗保险基金支付的部分，由社会保险经办机构与医疗机构、药品经营单位直接结算。
社会保险行政部门和卫生行政部门应当建立异地就医医疗费用结算制度，方便参保人员享受基本医疗保险待遇。
第三十条
下列医疗费用不纳入基本医疗保险基金支付范围：
（一）应当从工伤保险基金中支付的；
（二）应当由第三人负担的；
（三）应当由公共卫生负担的；
（四）在境外就医的。
