农产品投入产出法计算进项税的方法如下：
投入产出法:参照国家标准、行业标准(包括行业公认标准和行业平均耗用值)确定销售单位数量货物耗用外购农产品的数量(以下称农产品单耗数量).
当期允许抵扣农产品进项税额依据农产品单耗数量、当期销售货物数量、农产品平均购买单价(含税,下同)和农产品进项税额扣除率(以下简称"扣除率")计算.公式为:
当期允许抵扣农产品进项税额=当期农产品耗用数量×农产品平均购买单价×扣除率/(1+扣除率)
当期农产品耗用数量=当期销售货物数量(不含采购除农产品以外的半成品生产的货物数量)×农产品单耗数量
对以单一农产品原料生产多种货物或者多种农产品原料生产多种货物的,在核算当期农产品耗用数量和平均购买单价时,应依据合理的方法归集和分配.
平均购买单价是指购买农产品期末平均买价,不包括买价之外单独支付的运费和入库前的整理费用.期末平均买价计算公式:
期末平均买价=(期初库存农产品数量×期初平均买价+当期购进农产品数量×当期买价)/(期初库存农产品数量+当期购进农产品数量)
法律依据：
《中华人民共和国暂行条例》
第纳税人购进货物、劳务、服务、无形资产、不动产支付或者负担的额，为进项税额。
下列进项税额准予从销项税额中抵扣：
（一）从销售方取得的专用上注明的额。
（二）从海关取得的海关进口专用缴款书上注明的额。
（三）购进农产品，除取得专用或者海关进口专用缴款书外，按照农产品收购或者销售上注明的农产品买价和11%的扣除率计算的进项税额，另有规定的除外。进项税额计算公式：
进项税额=买价*扣除率
（四）自境外单位或者个人购进劳务、服务、无形资产或者境内的不动产，从税务机关或者扣缴义务人取得的代扣代缴税款的完税凭证上注明的额。
准予抵扣的项目和扣除率的调整，由决定。
