1、本罪与事前有通谋的共同犯罪

窝藏、包庇行为是在被窝藏、包庇的人犯罪后实施的，其犯罪故意也是在他人犯罪后产生的，即只有在与犯罪人没有事前通谋的情况下，实施窝藏、包庇行为的，才成立本罪。如果行为人事前与犯罪人通谋，商定待犯罪人实行犯罪后予以窝藏、包庇的，则成立共同犯罪。因此，本法第310条第2款规定，犯窝藏、包庇罪，事前通谋的，以共同犯罪论处。在这种情况下，即使共同犯罪所犯之罪的法定刑低于窝藏、包庇罪的法定刑，也应以共同犯罪论处。

2、本罪与伪证罪的界限

伪证罪中的故意作虚假的证明为犯罪人隐匿罪证的行为，与窝藏、包庇罪有相似之处。二者的主要区别在于：

(1)本罪为一般主体;而伪证罪是特殊主体，只限于证人、鉴定人、记录人与翻译人。

(2)本罪发生的时间没有;而伪证罪必须发生在刑事诉讼中。

(3)本罪是通过使犯罪人逃匿或者采取其他庇护方法，使其逃避刑事制裁;伪证罪掩盖的是何案件有重要关系的犯罪情节。

(4)窝藏、包庇的对象既可以是未决犯，也可以是已决犯;而伪证罪所包庇的对象只能是未决犯。

3、本罪与帮助毁灭、伪造证据罪的界限

刑法没有规定帮助毁灭、伪造证据罪，故以往的刑法理论认为，消灭罪迹与毁灭罪证的行为构成包庇罪。本法增设了帮助毁灭、伪造证据罪之后，也有人认为包庇罪包括帮助湮灭罪迹和毁灭罪证的行为。我们认为，根据刑法的规定，包庇罪应仅限于作假的证明包庇的行为，而不包括帮助犯罪人毁灭或者伪造证据的行为。不过，这两种犯罪的法定刑相差较大，如何合理划清其界限，还需要研究。

一、包庇、纵容性质的组织罪认定

（一）罪与非罪

区分罪与非罪的界限，要注意：本罪系行为犯，行为人实施完毕包庇、纵容性质组织行为的，原则上构成本罪且为既遂。但是，根据案件具体情况，如果包庇、纵容行为情节显著轻微、危害不大的，如行为人指使他人作伪证，他人未作伪证而未遂，且能自首或立功的；帮助性质组织一般成员逃匿后即行帮助抓获归案，认真悔改的，等等，可不以犯罪论处。

（二）此罪与彼罪

1、纵容性质组织罪与玩忽职守罪的区别。主要是：

（1）主观方面不同。本罪在主观方面必须出于故意；后罪则出于过失。

（2）行为方式不同，本罪的行为方式表现为不依法履行或不正确履行职责，放纵性质组织进行违法犯罪活动的行为；后罪则表现为一切严重不负责任，不履行或不正确履行职务的所有玩忽职守的行为。

（3）定罪情节有不同。本罪系行为犯，一实施纵容性质组织进行的违法犯罪活动的行为，除非情节显著轻微危害不大，都构成本罪；后罪为结果犯，玩忽职守的行为必须造成公共财产、国家和人民利益重大损失的危害结果方能构成其罪。

（4）侵犯的客体不同。本罪为复杂客体，既侵犯国家机关的正常管理活动，又侵犯社会正常的治安秩序，且以后者为主；后罪侵犯的客体是国家机关正常的管理活动。

2、本罪与滥用职权罪的界限。国家机关工作人员利用职务之便采用各种方法包庇性质组织的，无疑是滥用职权，如果因此造成国家和人民利益遭受损失的，又触犯滥用职权罪，属想象竞合，应当择一重罪定罪处罚。

3、本罪与窝藏、包庇罪的界限。二者的区别主要是：

（1）犯罪主体不同。本罪的主体为特殊主体，只有国家机关工作人员才能构成本罪；后罪的主体则侧为一般主体，年满16周岁具有刑事责任能力的人，不论是否为国家机关工作人员，都可构成其罪。

（2）客观行为方式不同。本罪包庇行为极为广泛，既包括作明包庇性质组织及其成员，以及为性质组织成员提供隐藏处所、财物，帮助其逃匿的包庇、窝藏行为，又包括其他诸如通风报信，隐匿、毁灭、伪造证据，阻止他人作证、检举、揭发，指使他人作伪证，阻挠国家机关工作人员查禁等其他包庇行为；后者则只包括为犯罪分子作明包庇及提供处所、财物，帮助其逃匿的行为，比本罪行为狭窄得多。

（3）犯罪对象不同。本罪行为包庇的对象为性质组织包括其成员；后罪行为的对象则是一切犯罪的人包括性质组织的成员。（4）犯罪客体不同。本罪所侵犯的主要是国家机关查禁性质组织的正常秩序；后者所侵犯的则是国家司法机关查禁犯罪分子的正常秩序。国家机工作人员如果为性质组织成员提供处所、财物，帮助其逃匿或者作明包庇的，既触犯本罪，又触犯窝藏、包庇罪，属想象竞合，应择一重罪论处。比较两者，刑罚基本相当，但本罪性质严重，因此，应以本罪依法追究行为人的刑事责任。

4、罪与伪证罪的界限。国家机关工作人员在刑事诉讼中，如果担任证人、鉴定人、记录人、翻译人而对性质组织的违法犯罪案件有重要关系的情节，故意作虚明、鉴定、记录、翻译，或者隐匿罪证的，既触犯包庇性质组织罪，又触犯伪证罪，为想象竞合，应择一重罪定罪处罚。