农村垃圾主要是由城乡环境卫生行政主管部门来管的，并由乡镇进行处理。环保部对全国环境保护工作实施监督管理；而县级以上地方的环保主管部门，对本行政区域内的环境保护工作实施监督管理。
农村垃圾不清理投诉哪个部门
地市卫生局或卫生厅。
一般情况是，诸层进行反映或投诉，进行解决，切忌越级反映。由于人们对工业高度发达的负面影响预料不够，预防不利，导致了全球性的三大危机：资源短缺、环境污染、生态破坏。
环境污染指自然的或人为的破坏，向环境中添加某种物质而超过环境的自净能力而产生危害的行为。（或由于人为的因素，环境受到有害物质的污染，使生物的生长繁殖和人类的正常生活受到有害影响。）由于人为因素使环境的构成或状态发生变化，环境素质下降，从而扰乱和破坏了生态系统和人类的正常生产和生活条件的现象。
垃圾污染由县级以上环境保护主管部门或者其他负有大气环境保护检督管理职责的部门责令改正，处二万元以上二十万元以下的罚款成违反治安管理行为的，由机关依法予以处罚。农村生活垃圾，归县级的环境保护主管部门管。
按照“户集、村收、乡运、县处理”的模式，农村生活垃圾需要由乡镇处理，并由县级的城乡环境卫生行政主管部门监督管理。环境保护主管部门，对全国环境保护工作实施统一监督管理；县级以上地方环境保护主管部门，对本行政区域环境保护工作实施统一监督管理。
县级以上有关部门和环境保护部门，依照有关法律的规定对资源保护和污染防治等环境保护工作实施监督管理。县级以上环境保护主管部门及其委托的环境监察机构和其他负有环境保护监督管理职责的部门，有权对排放污染物的企业事业单位和其他生产经营者进行现场检查。被检查者应当如实反映情况，提供必要的资料。实施现场检查的部门、机构及其工作人员应当为被检查者保守商业秘密。
农村环境污染物的主要来源有以下四个方面：
1、人畜粪便、污水等，内含大量病原体，包括细菌、病毒、寄生虫卵等，是传播疾病的主要来源；
2、居室内燃煤不充分导致室内大量二氧化碳、芳烃、一氧化碳、氟化物等聚集，形成室内空气污染，引发呼吸系统疾病；
3、农药、化肥的不科学施用。不科学地施用农药以及防护措施不严格，可使有机氟、有机磷、有机氯、氨基甲酸醋、拟除虫菊酯类农药等有效成分，通过皮肤、口鼻黏膜等直接进入人体，造成毒害；对土壤和水体也会造成直接的污染。滥施化肥会导致养分流失，引起水体污染，严重破坏水体功能，严重的情况下，会导致鱼虾死亡、水体黑臭，使土壤和水体的自净功能丧失；
4、农村地区工业污染，如土法炼汞、炼金、炼硫磺、造纸、印染、电镀、制造磷肥、制造水泥等，都会产生许多有毒的废弃物，其中往往含有汞、二氧化碳、有机物、氰化物、氟化物、粉尘等有毒有害成分，污染水、空气、食物，危害人的健康。
法律依据
《中华人民共和国环境保》
第十条
环境保护主管部门，对全国环境保护工作实施统一监督管理；
县级以上地方环境保护主管部门，对本行政区域环境保护工作实施统一监督管理。县级以上有关部门和环境保护部门，依照有关法律的规定对资源保护和污染防治等环境保护工作实施监督管理。
《中华人民共和国环境保》
第二十四条
县级以上环境保护主管部门及其委托的环境监察机构和其他负有环境保护监督管理职责的部门，有权对排放污染物的企业事业单位和其他生产经营者进行现场检查。被检查者应当如实反映情况，提供必要的资料。实施现场检查的部门、机构及其工作人员应当为被检查者保守商业秘密