法律分析：处理医疗事故的投诉部门有：1、医院的专门科室进行投诉；2、卫生局进行投诉；3、如果医院里面的科室以及卫生局投诉均无效的的话，可以向当地卫生部门申请医疗事故鉴定，再到有管辖权的人民进行起诉。但是注意投诉之前要收集好投诉需要用到的证据，包括就医的收据、诊疗记录等。
法律依据：《医疗事故处理条例》第三十 发生医疗事故争议，当事人申请卫生行政部门处理的，由医疗机构所在地的县级卫生行政部门受理。医疗机构所在地是直辖市的，由医疗机构所在地的区、县卫生行政部门受理。
