针对目标公司应该查清的事项有：1、目标公司的股权结构、资产状况、负债状况、欠税情况、或有负债等情况。2、目标公司章程的内容，尤其要注意章程中对股权转让的性规定。一般情况下受让方应当与出让方共同聘请专业律所、会计师事务所、资产评估机构等对目标公司的法律状况、财务状况、重要资产等事项进行尽职调查，并将尽职调查报告作为股权转让合同附件。
一、出让方与受让方签订《股权转让意向书》
1、《股权转让意向书》中应当约定两项特有条款。其一，生效条件附款：本意向书在目标公司其他股东过半数同意（《公司法》第71条规定的条件）本次转让并放弃优先购买权，并符合目标公司章程规定的相关条件后生效；其二，出让方的通知义务：本意向书签订后一定时间内出让方应当通知目标公司其他股东。
2、转让价格的确定。目前实践中常用的确定股权转让价格的方法有：第一，直接以出让方在目标公司中的出资额为转让价格；第二，以审计、评估的目标公司净资产与出让方持股比例的乘积为转让价格；第三，以目标公司账面净资产与出让方持股比例的乘积为转让价格；第四，通过招标、拍卖等竞价交易方式确定转让价格。
二、出让方通知目标公司其他股东
出让方应当在意向书规定的时间内书面通知目标公司其他股东，要求他们在一定时间内，（我国《公司法》规定至少30天）就是否同意此次转让、是否行使优先购买权进行表态，并及时履行公司章程规定的程序。
三、目标公司其他股东表态
根据新《公司法》第71条的规定，其他股东不同意转让的，自己应当购买出让方拟转让的股权，否则视为同意转让。即其他股东只能通过行使优先购买权的方式阻止出让方对外转让股权。
其他股东的优先购买权不能分割行使。即其他股东对出让方拟转让的股权只能全部购买，否则必须全部放弃购买，而不能只购买其中的一部分。
其他股东要注意防止出让方与受让方通过阴阳合同损害自己的优先购买权。实践当中比较有效的方法是其他股东要求转让双方共同对转让价格进行书面确认，并监督转让合同履行。
四、出让方与受让方签订正式的《股权转让合同》
此阶段应注意下列事项：
1、除股权转让价格不能改变之外，付款条件、付款期限等内容与意向书也不能有实质性变化，否则就可能因为构成阴阳合同而受到其他股东的异议，甚至被撤销或者认定无效。2、如果目标公司其他股东认为自己的优先购买权受到侵害，可以向提起诉讼。3、为了保护受让方的权利，应当在合同中约定目标公司因股权转让之前的行为被国家机关处罚或者被他人索赔时，受让方在一定期限内有权解除合同，并应当明确约定违约金标准或者损害赔偿的计算方法。
六、办理公司股东名册变更和工商登记变更
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