法律分析:

乡镇综合执法改革存在的问题有：职能划转和法律适用不同步，人员知识储备和执法要求不匹配，人员配置与承担业务不相符，办案程序和办案时限难平衡，现行法律资源与执法需求难平衡，专业执法与综合执法的矛盾，综合执法机制不当，责任界限难划分等。解决上述难题的建议有：建立管罚分离的机制，出台文件确保执法有依据，提高基层的执法硬件，提供充实的制度保障等。

法律依据:

《编办关于清理整顿行政执法队伍实行综合行政执法试点工作的意见》 第三条 试点的基本内容

(一)进一步转变部门职能，实现“两个相对分开”。要改变部门既管审批又管监督的，将制定、审查审批等职能与监督检查、实施处罚等职能相对分开。要改变行政执法机构既管查处又管检验的，将监督处罚职能与技术检验职能相对分开。将承担技术检测、检验、检疫职能的单位逐步与部门脱钩，不再承担行政执法任务，其职责转变为面向全社会，依法地为部门、行政执法机构和企事业单位提供客观公正的技术检测、检验、检疫服务。

(二)调整合并行政执法机构，实行综合行政执法。要改变多头执法的状况，组建相对、集中统一的行政执法机构。要严格控制执法机构膨胀的势头，能够不设的不设，能够合设的合设；一个部门下设的多个行政执法机构，原则上归并为一个机构。在此基础上，重点在城市管理、文化市场管理、资源环境管理、农业管理、交通运输管理以及其他适合综合行政执法的领域，合并组建综合行政执法机构。按有关规定，经批准成立的综合行政执法机构，具有行政执法主体资格。

要改变多层执法的状况，按区域设置执法机构并实行属地管理。行政执法机构主要在城市和区、县设置。省、自治区各部门不再单独设置行政执法机构；设区的市设置行政执法机构，可根据当地的具体情况和不同行政执法领域，适当选择以市为主或以区为主的模式。

要结合事业单位机构改革，在实施监督处罚与技术检验相对分开的基础上，调整归并技术检测、检验、检疫机构。使用相同或相近技术设备、手段的检测、检验、检疫机构，以及同在一地、任务不饱满的同类检测、检验、检疫机构，要尽量予以合并，以提高设备利用率，集中力量发挥技术优势。

(三)加强机构编制管理，建立并完善监督制约机制。行政执法机构编制实行宏观下的分级管理。要严格控制行政执法机构的规模，大胆探索其设置的具体形式。设置行政执法机构的审批程序，参照设置行政机构的审批程序办理。专项用于行政执法机构的编制纳入全国编制统计范围，重新核定，编办进行宏观管理并对相关工作进行指导。要探索通过经费预算手段控制行政执法机构人员编制的具体途径。

要建立健全行政执法的监督与制约机制，促进行政执法人员依法执法，文明执法；要严格实行行政执法责任制、评议考核制和行政执法过错追究制度；要公开办事制度、执法程序，增加行政执法的透明度。

(四)调整人员结构，加强行政执法机构自身建设。要全面清理行政执法机构现有人员，清退临时人员和借调人员。按照公务员的标准和职业特点，对行政执法人员进行专门的录用考试，严格标准，公平竞争，择优录用，经培训后上岗，并实行轮岗制度，按照公务员的管理方式进行管理。要不断加强对行政执法人员的教育和培训，提高他们的政治素质和业务素质。行政执法严格实行“罚缴分离”、“收支两条线”制度，罚没收入要全额上缴财政，行政执法经费由财政予以保障。

(五)开拓创新，积极探索。试点地区要因地制宜，在综合行政执法的权限和范围、综合执法机构的设置形式、综合执法机构与部门的关系等方面积极进行探索。