现行制度运行中存在的问题
1、农保基金筹集渠道狭窄，制度规定的筹资模式难以完全落实。该制度下农保基金筹资“以个人缴纳为主，集体补助为辅，国家予以扶持”。国家的扶持是“对乡镇企业支付的养老保险资金予以税前列支”，集体补助也主要是来自于乡镇企业的资金。我国目前的实际情况是拥有较多乡镇企业的地区的农民比只有很少甚至没有乡镇企业的地区的农民要富裕，在这种情况下，欠发达地区的农民无力缴纳保险费的同时也只能得到很少甚至得不到集体补助和国家财政支持，而富裕地区的农民自身有能力缴纳保费的同时又能得到集体补助和国家财政支持。显然，这种筹资模式使得未来农村养老面临困难的欠发达地区和没有能力投保的贫困农民，有着较强的养老需求却不能享受到这项利国利民的好，从而造成了“保富不保贫”的不公平现象。
2、基金增值方式单一。按照现行制度设计，农保基金只能存入银行和购买国债。实际上，限于人才和资金因素，县级农保经办机构的选择只有一个，那就是存银行，运营层次低，加之银行利率下调等导致基金保值增值困难，农保基金升值空间有限，收益对基金运营支撑能力较弱。同时把农保资金存入银行，需要面对两大潜在的风险：一是银行本身存在的风险。二是银行资金运作衍生的问题。
3、提取管理费服务费不合理，使得有限的养老基金更为捉襟见肘。根据1992年民政部制度规定：“农村社会养老事业管理机构可从收取的养老保险费中提取管理服务费，管理服务费按当年收取保险费总额的3％提取”。当前的农保基金来源主要靠农民个人缴纳，集体、国家投入很少，增值空间有限，从中还要负担经办机构经费，势必造成基金的资金紧张，将来给付面临压力。
对策及建议：
一是进一步规范和完善现行农村社会养老保险制度，加快出台新的农保制度。农村社会养老保险制度是国家的一项长期社会和实施的农民养老计划，既不是商业保险，也不是农民负担，属于基本养老保险范畴。要加大财政投入，让广大的农民享受到改革开放的成果，改变“个人缴纳为主、集体缴纳为辅、国家给与扶持”筹资模式，取消从养老保险缴费中计提管理费。国家应该给与农村社会养老保险一定的财政投入，由国家和个人共同负担。实行社会统筹和个人账户相结合的基本养老保险，国家投入一部分纳入到社会统筹基金，农民个人缴费和部分国家投入全部划入个人账户，国家投入要偏重于经济欠发达地区。同时鼓励建立由集体补助的补充养老保险和个人储蓄式的商业养老保险。
二是制定并试行适合乡镇企业职工和农民工特点的养老保险办法。具有农村土地承包权的乡镇企业职工可以试行个人账户为主、统筹调剂为辅的养老保险办法，保险费由企业和职工双方负担。不具备加入城镇企业职工基本养老保险制度的农民工和小城镇农转非人员可以参照乡镇企业职工养老保险办法参保。
三是建立被征地农民养老保险制度。认真贯彻落实《关于深化改革严格土地管理的决定》、《转发劳动保障部关于做好被征地农民就业培训和社会保障工作指导意见的通知》精神，从统筹城乡经济社会和谐发展的高度，将被征地农民纳入相应的社会保障范围，建立被征地农民养老保险制度所需资金，从当地批准提高的安置补助费和用于被征地农户的土地补偿费中按一定比例列支和抵交。建立失地农民的社会保障制度，使他们的长远生计有保障。
法律依据：
《中华人民共和国社会保险法》 第十六条 参加基本养老保险的个人，达到法定退休年龄时累计缴费满十五年的，按月领取基本养老金。参加基本养老保险的个人，达到法定退休年龄时累计缴费不足十五年的，可以缴费至满十五年，按月领取基本养老金；也可以转入新型农村社会养老保险或者城镇居民社会养老保险，按照规定享受相应的养老保险待遇。
《中华人民共和国社会保险法》第十五条
基本养老金由统筹养老金和个人账户养老金组成。基本养老金根据个人累计缴费年限、缴费工资、当地职工平均工资、个人账户金额、城镇人口平均预期寿命等因素确定。