公司能以体检不合格的理由辞退员工。
员工已经入职，在公司的年度体检中检查不合格的，要按照国家医疗期的规定执行，医疗期满不能从事原工作，也不能从事另行安排工作的，才可以辞退，并且要依法支付经济补偿金。订立和变更劳动合同，应当遵循平等自愿、协商一致的原则，不得违反法律、行规的规定。劳动合同依法订立即具有法律约束力，当事人必须履行劳动合同规定的义务。劳动合同应当以书面形式订立，并具备以下条款：
1、劳动合同期限；
2、工作内容；
3、劳动保护和劳动条件；
4、劳动报酬；
5、劳动纪律；
6、劳动合同终止的条件；
7、违反劳动合同的责任。
哪些体检项目不合格会被公司辞退
1、传染病：如艾滋病、肝炎等。传染病会对员工的健康产生巨大威胁，同时也会影响团队其他成员的身体健康，因此，在职业生涯中这些传染病的患者可能难以找到合适的工作岗位。
2、肺部疾病：如肺结核、肺气肿等。这些疾病会影响员工的身体素质，降低员工的工作效率，同时也会给公司带来安全隐患，因此，可能会被公司辞退。
3、 精神问题：如抑郁症、焦虑症等。这些问题可能会对员工的工作造成影响，降低员工的工作效率，甚至会影响员工的情绪与沟通能力，进而影响整个团队的工作氛围。
4、 其他疾病：如高血压、糖尿病等。这些疾病虽然不影响员工的安全，但也会降低员工的工作效率和生产力，因此也可能会被公司辞退。
综上所述，如果职工是在公共场所直接为顾客服务的，则肝、肺部、皮肤等体检项目不合格的会被公司辞退。例如职工被检查患有痢疾、伤寒、病毒性肝炎、活动期肺结核、化脓性或者渗出性皮肤病的，不能从事上述工作，可能会被辞退。
【法律依据】：
《中华人民共和国公共场所卫生管理条例》
第七条
公共场所直接为顾客服务的人员，持有“健康合格证”方能从事本职工作。患有痢疾、伤寒、病毒性肝炎、活动期肺结核、化脓性或者渗出性皮肤病以及其他有碍公共卫生的疾病的，治愈前不得从事直接为顾客服务的工作。
《中华人民共和国食品安全法》
第四十五条
食品生产经营者应当建立并执行从业人员健康管理制度。患有卫生行政部门规定的有碍食品安全疾病的人员，不得从事接触直接入口食品的工作。
从事接触直接入口食品工作的食品生产经营人员应当每年进行健康检查，取得健康证明后方可上岗工作。
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