法律分析：为了保护职务犯罪的经济损失证据的合法性，需要注意以下几点：首先要确保证据的真实性、完整性和合法性，不能有捏造、伪造或篡改的情况。其次，要按照法定程序获取证据，不得使用非法手段获取证据。最后，要将证据妥善保管，避免证据的丢失或损坏。
法律依据：
《中华人民共和国刑事诉讼法》第六十四条：“侦查机关和审判机关应当按照法定程序收集证据，不得使用非法的方法。”
《中华人民共和国刑法》第二百三十六条：“以虚构事实、隐瞒或者其他方法，使国家机关、组织、企事业单位或者人民群众在财产上受到损失的，以诈骗罪定罪处罚。”
《中华人民共和国刑法》第二百三十七条：“以暴力、威胁方法故意毁坏、灭失证据的，以妨害作证罪定罪处罚。”
总之，保护职务犯罪的经济损失证据的合法性是维护司法公正和社会稳定的重要保障，必须得到严格的保护。
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