卫生许可证由县级以上的卫生行政部门签发。
公共场所经营者在取得工商行政管理部门颁发的营业执照后，还应当按照规定向县级以上地方卫生行政部门申请卫生许可证，方可营业。需要注意的是，根据不同类型的公共场所和地区，负责签发卫生许可证的部门可能有所不同。
卫生许可证签发流程如下：
1、申报：申请单位提出书面申请，填写《卫生许可证申请书》或《卫生许可证变更申请书》并递交符合卫生要求有关材料（材料要求见后）。
2、登记：依照卫生许可受理规定和公共场所许可的条件，对属于受理范围的申报材料进行核对、登记。新建、改建、扩建公共场所应按照预防性卫生监督工作程序，先办理建设项目卫生审查认可，按审核批准的内容施工，工程竣工后申办建设项目竣工卫生验收认可，再申报办理《公共场所卫生许可证》。
3、受理：经对申报材料审查后，卫生行政部门在5个工作日内对符合受理规定的发放《行政许可受理通知书》；不符合受理规定的发放《行政许可不予受理决定书》；对于资料不全的，发出《行政许可补正材料通知书》。
4、审查：卫生行政部门受理申请后，组织业务人员按照卫生法律法规及国家卫生标准要求，对申报材料进行审查，对经营场所现场进行审核，存在问题的，提出整改措施和意见。
5、决定：卫生行政部门自受理申请之日起二十日内，根据审查意见，对符合规定的，准予行政许可；不符合规定的，作出不予行政许可决定。
6、送达：卫生行政部门作出准予行政许可决定的，自作出决定之日起十日内向申请人颁发、送达《公共场所卫生许可证》。
综上所述，卫生许可证由县以上卫生行政部门签发，要到经营者所在的区、县的工商行政管理部门申请登记或者变更登记。
【法律依据】：
《公共场所卫生管理条例实施细则》
第二十二条
国家对公共场所实行卫生许可证管理。 公共场所经营者应当按照规定向县级以上地方卫生行政部门申请卫生许可 证。未取得卫生许可证的，不得营业。 公共场所卫生监督的具体范围由省、自治 区、直辖市卫生行政部门公布。 公共场所卫生许可证有效期限为四年，每两年复核一次。
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