司法鉴定应遵循以下程序：委托、受理、初次鉴定、补充鉴定、重新鉴定、复核鉴定、司法鉴定文书的出具、出庭。司法鉴定机构接受司法机关、仲裁机构的司法鉴定委托。
在诉讼案件中，在当事人负有举证责任的情况下，司法鉴定机构也可以接受当事人的司法鉴定委托。当事人委托司法鉴定时一般通过律师事务所进行。司法鉴定机构收到委托书后，应对委托人的委托事项进行审核。鉴定机构受理案件后，应当指派具有社会专业司法鉴定资格的人员承担鉴定工作，同一鉴定事项应当由两名具有社会专业司法鉴定资格的人员进行。司法鉴定机构接受委托进行补充鉴定，应当对委托人请求的事项进行审查，社会专业司法鉴定机构应当向委托人说明情况，并退回委托书。对重新鉴定，专业司法鉴定机构应当要求委托人提供与原鉴定材料相同的材料。重新鉴定仍在原社会专业司法鉴定机构进行的，不能由原鉴定人承办重新鉴定的事项。对鉴定结论有异议需进行复核鉴定的，其他资质较高的司法鉴定机构可以接受委托，进行复核鉴定。复核鉴定除需提交鉴定材料外，还应提交原司法鉴定文书。 司法鉴定人完成社会专业司法鉴定工作后，应当出具司法鉴定文书。司法鉴定人应当按照司法机关或者仲裁机关的要求按时出庭。
刑事案件的是怎样鉴定的？
1、当事人申请鉴定，应当在举证期限内提出。
2、申请鉴定时，要预交鉴定费用，并提供相关材料。
3、当事人申请鉴定经同意后，由双方当事人协商确定有鉴定资格的鉴定机构、鉴定人员，协商不成时，由人民指定。
4、当事人对人民委托的鉴定部门作出的鉴定结论有异议申请重新鉴定，提出证据证明存在下列情形之一的，人民应予准许：
【法律依据】：
《司法鉴定程序通则》
第十四条 司法鉴定机构应当对委托鉴定事项、鉴定材料等进行审查。对属于本机构司法鉴定业务范围，鉴定用途合法，提供的鉴定材料能够满足鉴定需要的，应当受理。对于鉴定材料不完整、不充分，不能满足鉴定需要的，司法鉴定机构可以要求委托人补充;经补充后能够满足鉴定需要的，应当受理。司法鉴定多长时间内有效。
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