医院编制和卫健委编制各有优劣，还是要根据自身情况进行选择，明确自身适合走技术路线还是行政路线，明确自身长处进行选择。
1.工资待遇上，显然公务员与医生的待遇偏低，尤其是那种有职称、有技术的医生，比普通的科员工资高得多，医生我觉得是正儿八经靠技术吃饭的人，而当公务员，每天的工作大多是处理行政事务，好处就是稳定、比医生的工作强度低很多，工作压力小、风险小。
2.卫健委本质上就是一个行政单位而已，虽然表面上对医院有指导管理职责，是主管单位，但实际对医院的管理权限并不大。如人员招聘，编办与人社局；人员提拔，有组织部。3.从发挥前景看，医生走的是职称，是技术路线，年龄越大越吃香，前提是你得有能力抓住那些职称；而公务员走的行政管理路线，未来的发展必须走向领导岗位，而想到达领导岗位的难度更高。
4.卫健委中的医政科是卫健委的重要科室，经常出领导，所以如果能进卫健委的医政科确实比较有发展前景，比一般的医生会强很多，同时也是卫健委中比较忙的岗位。
法律依据：
《国家卫生健康委员会职能配置、内设机构和人员编制规定》第三条
国家卫生健康委员会贯彻落实党关于卫生健康工作的方针和决策部署，在履行职责过程中坚持和加强党对卫生健康工作的集中统一领导。
