1、取证难
大部分宅基地权属纠纷都是由于土地权属证明文件缺失，或者虽然持有土地权属证明文件，但文件上载明的宅基地边界四至与争议方实际使用的宅基地尺寸不一致，导致争议一方或双方当事人在建房时因边界不清而引发的争议。这类争议时间长，土地使用权变化大，因而取证困难。
2、周期长
由于该类纠纷需要经过行政机关先行处理的前置程序，纠纷当事人对行政机关处理决定不服的，才能向提起行政诉讼，而只能对行政机关作出的处理决定予以维持或撤销。如果将处理决定撤销，则行政机关需重新作出处理决定，这可能是一个无限循环的过程。争议双方当事人在该过程中会消耗大量的精力、财力、物力，而诉讼是一种高风险的活动，其最终并不一定能够获得满意的结果。
3、启动难
各部门相互推诿的情况时有发生，导致使当事人启动处理程序困难，状告无门。
4、标准杂
各个处理部门处理标准不统一。就同一起纠纷，不同的处理机关、办案人员会有不同的处理意见，导致纠纷当事人无所适从，从而引发当事人的不满情绪，很多当事人因一时冲动而走上艰难的上访之路。
宅基地权属纠纷处理的程序
根据《土地管理法》及其他相关法律法规的规定，宅基地权属争议处理程序主要包括协商、调解、行政裁决、行政复议以及行政诉讼。
1、协商
争议双方当事人在平等的基础上，表达自己真实的意愿但协商处理的内容不得违反国家法律规定或者社会公德，不得侵害国家、集体以及第三人的合法权益。
2、调解
争议双方不能达成和解协议或者一方对调解协议反悔的，应当以书面形式，向或土地主管部门申请调解。县级以上国土资源行政主管部门负责宅基地权属争议案件的调查和调解工作。个人之间、个人与单位之间发生的争议案件，也可以根据当事人的申请，由乡级受理和处理。
3、行政裁决
或土地主管部门对宅基地权属争议案件受理后，未达成调节协议的，提出调查处理意见，在5个工作日内应当报上级或同级作出处理决定，即行政裁决。对此行政裁决，当事人既不申请行政复议，也不提起行政诉讼，即发生法律效力。
4、行政复议、行政诉讼
以下情况当事人可以向行政机关提起行政复议或向人民提起行政诉讼。
一是对有关对上述调查处理意见作出的处理决定不服的；
一是对宅基地权属争议当事人的申请，有关的作出的不予受理决定不服的。
宅基地权属纠纷处理的原则
在人民受理宅基地权属争议案件前，该争议需经相关的行政机关作出行政处理决定。另外，任何一方当事人不得改变宅基地的现状，不得破坏宅基地上的房屋、林木及其他附属物的现有状态。只有纠纷解决，权利人才能行使其权利。
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