法律分析：如果孩子的父母已经分居并且无法协商达成抚养协议，可以通过进行诉讼。在缺乏直接证据的情况下，可以通过间接证据来证明前配偶失踪，并通过征得其亲属的同意委托家庭委员会照管孩子。会考虑孩子的最佳利益，判决抚养权归属。
法律依据：
1.《中华人民共和国婚姻法》第三十二条：夫妻一方失踪，经机关调查核实无法找到的，未失踪方可以向人民申请宣告失踪方为失踪人，并按照规定处理夫妻财产和其他婚姻关系。
2.《中华人民共和国儿童权益保》第四十一条：父母对于未成年子女的抚养权利和义务，不能以任何理由放弃。若父母不能行使或者丧失抚养权利，所在地县级以上或者其指定的有关部门或者单位应当及时采取保护措施，保障未成年子女的合法权益。
3.《最高人民关于审理婚姻家庭案件中确定抚养关系若干问题的指导意见》第十二条：当事人夫妻分居生活多日，无法达成后续抚养协议的，一方当事人可以向人民提起诉讼，请求人民根据未成年子女的最佳利益，判定抚养权属于哪一方当事人。
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