棚户区改造有房屋证，但牵涉很多的问题：
（一）短期内不能解决，原由多方面，主要是考虑不能确权这么多的房，冲击房地产市场。
（二）交纳税赋不确定。因为负责棚户区改造的房地产是很吃亏的，房地产先投入资本改造完棚户区，正好资本链不完善的时候，是不可能负责老百姓这部分的税款的。因为房地产无销售业绩啊，无销售出一套房，但棚户区改造老百姓是要交纳契税的啊，要怎样定这个准则呢？比如定按照10000元没平米交纳契税，老百姓交纳了，但房地产也得跟着交纳很多的税款啊！
（三）改造后因此而产生了许多的二套房三套房甚至多套房，要怎样收这部分房的税呢？肯定要定高税价，因为这部分也隶属时代产物，是暴利啊！所以也很难定这部分的税赋。
一、棚户区改造土地使用证有补偿吗
棚户区改造，征收拆迁依据的是令第590号，即《国有土地上房屋征收与补偿条例》，该条例其第三章，规定的是补偿。具体可以查看。依据该条例的规定，补偿的核心是房屋，房屋的价值补偿依据不低于周边新建商品房的市场价。而对于除去房屋所占土地之外的土地是要补偿的。
二、土地使用证变更登记需要提供哪些材料
办理《国有土地使用证》变更登记应提供以下资料：
土地登记申请书、《国有土地使用证》原件、《成都市房屋所有权证》、《房屋共有权证》复印件（验原件）、身份证双面复印件（第二代双面复印）验原件，特殊情况附书面说明。
（一）因房屋买卖发生的个人《国有土地使用权》变更登记还应提供关于办理土地登记的函（成都市土地矿权交易中心出具）；
（二）因房屋买卖发生的单位《国有土地使用权证》变更登记还应提供国有土地使用权交易审查表（成都市国土资源局出具），同时提供法人身份证明，土地登记委托书、法人身份证复印件，受托人身份证复印件（验原件）、企业工商营业执照、组织机构代码复印件。（上述材料中的复印件须加盖申报单位的公章证明原件与复印件一致；）
（三）因继承、赠与发生的《国有土地使用权》变更登记还应提供：《公证书》（原件）。
（四）因离婚发生的《国有土地使用权》变更登记还应提供：离婚证明或裁决书复印件（验原件）；
（五）因地址变更发生的《国有土地使用权》变更登记还应提供：变更地派出所出具的地址变更证明原件。
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