是的。是有很多差别的：
首先男女最大的不同，就是各自身体内生殖器官不同。生殖器官的功能是产生生殖细胞-男子产生精子，女性产生卵子。此外，生殖器官还具有内分泌功能，即性腺功能，男性的性腺是睾丸，它产生精子，并分泌与生殖有关的男性激素；女性是卵巢，它产生卵子，并分泌女性激素-雌激素和孕激素。这些激素可形成副性特征，并可以保证生殖功能的完成。同时因着此方面的不同，才使得男性气宇轩昂，女的妩媚动人。
男性的生殖器官除睾丸外，还有附睾、输精管、精囊、射精管、前列腺、阴茎，它们的功能是保存和输送精子进入女体；女性生殖器官除卵巢外，还有输卵管、子宫、阴道，它们的作用是输送卵子，接纳精子，并培育新的个体。一个受精卵要在子宫里完成它生命的初始状态。
从生理上看，男子到青春期，睾丸开始产生精子，成熟的精子积存在附睾管里，加上生殖系统一些腺体分泌的液体，积存满了，就要溢出来，出现遗精现象；女子在青春期则出现有规律的周期性的子宫出血，叫做月经。月经初潮是女子青春期开始的重要"信号"，也是女性生殖器官渐趋成熟的标志。
由于男女在解剖上的不同，因此所患的病种也有所不同，如男性易患前列腺肥大、阳痿、早泄、阴茎癌、睾丸癌、精索静脉曲张等男性疾病；女性则易患子宫出血、月经不调、乳腺癌、宫颈癌等妇科病。
从遗传免疫的角度来看，女性的抗病能力比男性强，这是因为男子的性染色体由一条X染色体和一条形体短小的Y染色体组成，女子的性染色体是由相同的两条X染色体组成，而司管体内免疫功能的基因正贮存X染色体上。这就是说，女性天生就有双份免疫基因，因此具有双倍于男性的抗病能力，而男性则不然，所以容易患病。
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