划入生态保护区后，房屋如果有合法证件的，是属于合法的建筑，对房屋进行拆迁时，要对被拆迁人给予经济补偿。
一、相关法律规定
《中华人民共和国城乡规划法》
第四十一条在乡、村庄规划区内进行乡镇企业、乡村公共设施和公益事业建设的，建设单位或者个人应当向乡、镇提出申请，由乡、镇报城市、县城乡规划主管部门核发乡村建设规划许可证。
在乡、村庄规划区内使用原有宅基地进行农村村民住宅建设的规划管理办法，由省、自治区、直辖市制定。
在乡、村庄规划区内进行乡镇企业、乡村公共设施和公益事业建设以及农村村民住宅建设，不得占用农用地；确需占用农用地的，应当依照《中华人民共和国土地管理法》有关规定办理农用地转用审批手续后，由城市、县城乡规划主管部门核发乡村建设规划许可证。
建设单位或者个人在取得乡村建设规划许可证后，方可办理用地审批手续。
第六十四条未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定进行建设的，由县级以上地方城乡规划主管部门责令停止建设；尚可采取改正措施消除对规划实施的影响的，限期改正，处建设工程造价百分之五以上百分之十以下的罚款；无法采取改正措施消除影响的，限期拆除，不能拆除的，没收实物或者违法收入，可以并处建设工程造价百分之十以下的罚款。
第六十五条在乡、村庄规划区内未依法取得乡村建设规划许可证或者未按照乡村建设规划许可证的规定进行建设的，由乡、镇责令停止建设、限期改正；逾期不改正的，可以拆除。
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