夫妻离婚时处理夫妻共同持有的公司股份的方式取决于股份持有情况。如果双方均持有股份，则可通过协商或委托评估机构评估后由判决处理。如果只有一方持有股份，转让需经过协商并得到公司半数以上股东同意。如果协商不成，将考虑出资情况和公司经营状况，判决股份归原持有方并给予经济补偿。如果公司股份由第三人持有，离婚案件需能清晰证明夫妻共同出资才能处理。公司章程另有规定的按照章程执行。

法律分析

1、夫妻双方均持有公司股份。在婚姻存续期间成立公司，夫妻双方均为公司股东，且占有一定的股份比例。离婚时，双方可以通过协商的方式处理各自的股份。如果协商不成，可共同委托评估机构对股份的价值进行评估后，由作出判决。

2、夫妻一方持有公司股份。夫妻双方可通过协商的方式处理所持有的公司股份。如果双方协商一致要将公司股份转让给未持有公司股份的配偶或将公司股份转让给第三人的，根据《公司法》的相关规定，必须经过公司半数以上股东的同意方可进行。如果半数股东不同意转让，但愿意以同等价格购买的，夫妻双方可分割相应的股权折让款。如果半数股东既不同意转让，又不愿意购买的，视为同意转让，配偶或第三人可以成为公司新的股东。如夫妻双方无法通过协商的方式解决，需要处理时，一般会将根据出资情况、公司的经营状况（赢利或是负债）等相关因素综合考虑后，将公司股份判给原持有一方所有，由持有方给予另一方相应的经济补偿。

3、公司股份由第三人持有。实践中，出于各种考虑，经常会有夫妻在注册公司时，将公司注册在亲朋的名下，由亲朋代持自己的股份。此时，证明公司出资是由夫妻共同财产给付这点非常重要。因为只有能清晰的证明出资情况，在离婚案件中才有可能处理公司的股份。如果无法证明，离婚案件中，法官一般不会受理。当事人想继续争取的，只能通过离婚后的确权之诉为维护自己的权益。《中华人民共和国公司法》第七十一条有限责任公司的股东之间可以相互转让其全部或者部分股权。股东向股东以外的人转让股权，应当经其他股东过半数同意。股东应就其股权转让事项书面通知其他股东征求同意，其他股东自接到书面通知之日起满三十日未答复的，视为同意转让。其他股东半数以上不同意转让的，不同意的股东应当购买该转让的股权不购买的，视为同意转让。经股东同意转让的股权，在同等条件下，其他股东有优先购买权。两个以上股东主张行使优先购买权的，协商确定各自的购买比例协商不成的，按照转让时各自的出资比例行使优先购买权。公司章程对股权转让另有规定的，从其规定。

结语

根据以上情况，夫妻双方持有公司股份的处理方式有多种选择。双方可以通过协商解决股份分配，如协商不成，可委托评估机构进行评估，将作出判决。若一方持有公司股份，转让需经过半数以上股东同意，否则可进行股权折让或转让给配偶或第三人。如夫妻无法协商，将考虑出资情况和公司经营状况，并判给原持有方，给予经济补偿。对于第三人持有的股份，需清晰证明出资情况，否则可能不予受理。根据《公司法》规定，股东可以相互转让股权，但需经过其他股东过半数同意，且其他股东享有优先购买权。如购买比例协商不成，按出资比例行使优先购买权，公司章程另有规定的从其规定。

法律依据

中华人民共和国民法典：第三章 家庭关系 第一节 夫妻关系 第一千零六十五条 男女双方可以约定婚姻关系存续期间所得的财产以及婚前财产归各自所有、共同所有或者部分各自所有、部分共同所有。约定应当采用书面形式。

没有约定或者约定不明确的，适用本法第一千零六十二条、第一千零六十三条的规定。

夫妻对婚姻关系存续期间所得的财产以及婚前财产的约定，对双方具有法律约束力。

夫妻对婚姻关系存续期间所得的财产约定归各自所有，夫或者妻一方对外所负的债务，相对人知道该约定的，以夫或者妻一方的个人财产清偿。

中华人民共和国民法典：第三章 家庭关系 第一节 夫妻关系 第一千零六十二条 夫妻在婚姻关系存续期间所得的下列财产，为夫妻的共同财产，归夫妻共同所有：

（一）工资、奖金、劳务报酬；

（二）生产、经营、投资的收益；

（三）知识产权的收益；

（四）继承或者受赠的财产，但是本法第一千零六十三条第三项规定的除外；

（五）其他应当归共同所有的财产。

夫妻对共同财产，有平等的处理权。

中华人民共和国民法典：第六章 合同的变更和转让 第五百五十条 因债权转让增加的履行费用，由让与人负担。