1、行政机关调查违法案件时，必须全面、客观、公正地调查，收集有关证据。收集证据时，可以采取抽样取证的方法，证据可能灭失的，可以对证据进行保全。
2、法律依据：《中华人民共和国行政处罚法》第五十四条
除本法第五十一条规定的可以当场作出的行政处罚外，行政机关发现公民、法人或者其他组织有依法应当给予行政处罚的行为的，必须全面、客观、公正地调查，收集有关证据；必要时，依照法律、法规的规定，可以进行检查。
符合立案标准的，行政机关应当及时立案。
第五十六条行政机关在收集证据时，可以采取抽样取证的方法；在证据可能灭失或者以后难以取得的情况下，经行政机关负责人批准，可以先行登记保存，并应当在七日内及时作出处理决定，在此期间，当事人或者有关人员不得销毁或者转移证据。
一、行政处罚证据规则是什么
1、可以直接认定的事实：
（1）众所周知的事实；
（2）自然规律及定理；
（3）按照法律规定推定的事实；
（4）已经依法证明的事实；
（5）根据日常生活经验法则推定的事实。
2、不能作为定案依据的证据：
（1）严重违反法定程序收集的证据材料；
（2）以偷拍、偷录、窃听等手段获取侵害他人合法权益的证据材料；
（3）以利诱、欺诈、胁迫、暴力等不正当手段获取的证据材料；
（4）不能正确表达意志的证人提供的证言；
（5）不具备合法性和真实性的其他证据材料。
3、不能单独作为定案依据的证据：
（1）未成年人所作的与其年龄和智力状况不相适应的证言；
（2）与一方行政相对人有亲属关系或者其他密切关系的证人所作的对该行政相对人有利的证言，或者与一方行政相对人有不利关系的证人所作的对该行政相对人不利的证言；
（3）应当出庭作证而无正当理由不出庭作证的证人证言；
（4）难以识别是否经过修改的视听资料；
（5）无法与原件、原物核对的复制件或者复制品；
（6）经一方行政相对人或者他人改动，对方行政相对人不予认可的证据材料。
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