南京补办身份证在户口所在地机关办理。
补办身份证流程如下：
1、申领人本人携带户口簿到户口所在地派出所户籍窗口申领补领居民身份证；
2、未满十六周岁的公民，由监护人代为申请领取居民身份证；
3、受理窗口受理后直接打印《居民身份证申领登记表》；
4、申领人在《居民身份证申领登记表》上签字确认，交纳证件工本费，领取《居民身份证领取凭证》和收费收据；
5、30个工作日后本人携带《居民身份证领取凭证》到指定地点领取证件（申请办理加快证件的，10个工作日内由邮政快递按指定地点投递）。
1、向常住户口所在地机关居民身份证受理点提出补领居民身份证申请;
2、交验居民户口簿，填写《居民身份证申领登记表》;
3、缴纳证件工本费;
4、凭《居民身份证领取凭证》，到指定的派出所领取证件。
公民因居民身份证丢失的，应当申请补领。
法律依据：
《中华人民共和国居民身份证法》
第二条居住在中华人民共和国境内的年满十六周岁的中国公民，应当依照本法的规定申请领取居民身份证;未满十六周岁的中国公民，可以依照本法的规定申请领取居民身份证。
第十一条居民身份证有效期满、公民姓名变更或者证件严重损坏不能辨认的，应当申请换领新证;居民身份证登记项目出现错误的，机关应当及时更正，换发新证;领取新证时，必须交回原证。居民身份证丢失的，应当申请补领。
未满十六周岁公民的居民身份证有前款情形的，可以申请换领、换发或者补领新证。
公民办理常住户口迁移手续时，机关应当在居民身份证的机读项目中记载公民常住户口所在地住址变动的情况，并告知本人。
第十二条公民申请领取、换领、补领居民身份证，机关应当按照规定及时予以办理。机关应当自公民提交《居民身份证申领登记表》之日起六十日内发放居民身份证;交通不便的地区，办理时间可以适当延长，但延长的时间不得超过三十日。
公民在申请领取、换领、补领居民身份证期间，急需使用居民身份证的，可以申请领取临时居民身份证，机关应当按照规定及时予以办。
