在停薪留职期间的员工社保问题需要与公司商议，按用人单位规定执行，如劳动合同上注明，停薪留职单位会继续缴纳社保，那么自然可以按照合同上面的规定来，反之则需要员工自行缴纳。
根据目前的司法实践，一般原则下，如果劳动者在停薪留职期间，未与用人单位就社保缴纳问题做相关明确约定或签订书面协议，劳动者虽在停工留薪期内与用人单位仍然保有劳动关系，但实际上没有给用人单位提供过劳务，也不接受用人单位的日常管理，那么，用人单位一般便无义务为劳动者缴纳该期间的社会保险费，劳动者缴纳社保的诉求，一般也不会得到仲裁机构的支持。因此，劳动者再停薪留职之前，最好就社保缴纳的问题与用人单位达成一致，以免影响相关的社保待遇。
一、停薪留职办理手续流程
1、职工应提出书面申请，经企业批准，并签订停薪留职协议书。如果作了停薪留职申请，却未经企业批准就擅自离职的，企业要按违反劳动纪律来做处理。
2、停薪留职协议书的内容有：在停薪留职期间，企业停发工资、奖金、各种津贴和补贴，停止享受劳保福利等待遇；职工应按月向原单位缴纳待业保险基金、养老保险基金及其他费用；停薪留职期间按期缴纳费用的职工可计算连续工龄；职工在停薪留职期满前即未办理复工手续，又未办理辞职、调动手续的，企业待职工停薪留职期满后可按自行离职处理，并发给离职证明书；停薪留职期限，由企业根据生产或工作需要与职工具体商定。
二、因工伤停薪留职一般不超过几个月
因工伤导致的停薪留职，一般不超过12个月，适当延长的，延长期也不超过12个月。《工伤保险保险条例》第三十一条职工因工作遭受事故伤害或者患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。
停工留薪期一般不超过12个月。伤情严重或者情况特殊，经设区的市级劳动能力鉴定委员会确认，可以适当延长，但延长不得超过12个月。工伤职工评定伤残等级后，停发原待遇，按照本章的有关规定享受伤残待遇。工伤职工在停工留薪期满后仍需治疗的，继续享受工伤医疗待遇。生活不能自理的工伤职工在停工留薪期需要护理的，由所在单位负责。
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