在停薪留职期间的员工社保问题需要与公司商议，按用人单位规定执行，如劳动合同上注明，停薪留职单位会继续缴纳社保，那么自然可以按照合同上面的规定来。
一、社会保险费的征集方式
1、比例保险费制
这种方式是以被保险人的工资收入为准，规定一定的百分率，从而计收保险费。采用比例制，原来社会保险的主要目的，是为了补偿被保险人遭遇风险事故期间所丧失的收入，以维持其最低的生活，因此必须参照其平时赖以为生的收入，一方面作为衡量给付的标准，另一方面又作为保费计算的根据。
以工作为基准的比例保险费制最大的缺陷是社会保险的负担直接与工资相联系，不管是雇主雇员双方负担社会保险费还是其中一方负担社会保险费，社会保险的负担都表现为劳动力成本的增加，其结果会导致资本排挤劳动，从而引起失业增加。
2、均等保险费制
即不论被保险人或其雇主收入的多少，一律计收同额的保险费。这一制度的优点是计算简便，易于普遍实施；而且采用此种方法征收保险费的国家，在其给付时，一般也采用均等制，具有收支一律平等的意义。但其缺陷是，低收入者与高收入者缴纳相同的保费，在负担能力方面明显不公平。
二、个人交社保和单位交社保的区别
（一）缴费险种不同
以个人身份缴纳的社会保险只有养老保险和医疗保险两种。按照规定，灵活就业的人员，以个人名义自愿参加基本医疗保险和基本养老保险，不纳入失业、工伤和生育保险的参加人群范围。
而且，单位为职工缴纳社保是带有强制性的，《中华人民共和国劳动法》第72条规定：社会保险基金按照保险类型确定资金来源，逐步实行社会统筹。用人单位和劳动者必须依法参加社会保险，缴纳社会保险费。
（二）缴费比例不同
养老、医疗和失业保险是由个人和企业分别缴纳的，一般企业占大头（全国各地缴费比例有所不同），如北京市2016年的社保缴费比例为：
1、养老保险费：单位缴纳19％，个人缴纳8％
2、失业保险费：单位缴纳0．8％，个人缴纳0．2％
3、医疗保险费：单位缴纳10％，个人缴纳2％
工伤保险和生育保险是不需要个人缴纳的，全部由企业缴纳。而以个人身份缴纳社会保险费则需要全部由个人负担了。
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