巨蛇颈龟是肉食动物，主要吃的食物包括蜗牛、水生昆虫、鱼和两栖类，也吃植物的茎叶。巨蛇颈龟在野生环境下是肉食性动物，但是在人工饲养环境条件下也会吃一些植物性的饲料，所以在饲喂时可以选择一些龟粮和肉类，再选择性的加一些蔬菜、水果，同时保证水质的健康就可以了。
巨蛇颈龟可以在陆上及水中生活，采取伏击或潜行靠近发动突然袭击的方式捕食，在捕食的时候是靠收缩的颈部肌肉把头部向前弹射的同时展开大嘴把食物和水一并吞下，巨蛇颈龟的脖子是普通龟的脖子长2倍以上，所以捕食相对来说更容易。此外，巨蛇颈龟会吃掉大量蚊子的幼虫，因而对人们是非常有用的动物。
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