巨头蛇颈龟怎么分雌雄，公乌龟尾部较粗壮，雌性尾巴超不过龟甲边缘。公乌龟相对比较活泼好动，雌乌龟相对比较安静。巨头蛇颈龟的繁殖季节并没有被广泛观测到，但一般认为它们会在春季的河边产卵。其卵大约为34x22毫米，白色、易碎。自冬眠中醒来后立即开始寻找配偶。
它们的求偶和交尾的仪式有些与众不同。雄龟会逼近雌龟，并再三地围着它绕圈子，然后停下来脸朝着它的正面。它会伸长脖子，直勾勾地盯着它的脸，并快速地将头部拉上拉下。在这个过程中，偶然会出现雄龟咬啮和撞击雌龟的现象。在交尾的过程中还伴随着一系列高亢的“咯咯”声和“吱吱”声。
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