密西西比麝香龟是一类深水龟，可以深水养殖。不过，在密西西比麝香龟年龄很小，还处于幼龟时期的时候，是不能深水养殖的，在它们成年之后，才可以深水养殖。
当然，密西西比麝香龟成年之后水位也不能无升高，一般来说控制在20-30厘米就可以了，水也不能太深，因为人工养殖的密西西比麝香龟跟野生品种的密西西比麝香龟还是有一定差异的。
