野外的东部锦龟稚龟可能会在巢内越冬。这些一英寸长(2.5cm)的小生命即使被冰冻住也能存活下来。成龟也相当耐寒，有人曾看见它们在冰下游泳。大多数东部锦龟在寒冷的冬季里进行冬眠。它们会在池底的淤泥里挖洞，或是寻找麝鼠的洞穴或其他的藏身之处。在冬眠时，它们对氧气的需求大为减少。它们可以靠皮肤，咽喉内壁以及肛门处的薄壁气囊来吸收水中的氧气，这些就足够使用了。
由于东部锦龟的分布极为广泛，在美国冬天最冷和最温暖的地方都有它们的行踪。分布最北的亚种会定期冬眠，冬眠的时间也比南方的亚种更长一些。而生活在分布区南端的南部锦龟和西部锦龟，可能是不冬眠的。
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