灰蓝扁尾海蛇已列入世界自然保护联盟（IUCN）2010年《濒危物种红色名录》ver3.1——无危（LC）。已列入中国国家林业局2000年08月01日发布实施的《国家保护的有益的或者有重要经济、科学研究价值的陆生野生动物名录》。
灰蓝扁尾海蛇生活在温暖的热带气候影响下的海域和沿海水域，也包括珊瑚岛、珊瑚礁、红树林等。常出现在小岛岸边的小裂缝或岩石下以及0至10米深度的浅水域。灰蓝扁尾海蛇分布广泛，数量趋势稳定。尽管存在栖息地破坏，沿海地区工业污染以及过度捕捞等威胁，但这些威胁并未导致种群数量显著下降，因此被世界自然保护联盟列为无危。
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