分辨金头闭壳龟雌雄的方法有很多，但通常还是以外形的区别作为主要区别方式。首先，从体态上来看，母龟要明显更为圆润，背甲也比较宽，而公龟的体型则要更加细长。其次，在腹甲部分，由于繁殖的需要，公龟的腹甲有着明显的凹陷，而母龟则比较平坦。
再次，金头闭壳龟公龟的尾巴与母龟相比根部更加粗壮，并且长度也比较短，游动起来，公龟更为灵活。最后，从泄殖孔来看，母龟的泄殖孔距离腹甲比较近，较圆较凸，而公龟则距离尾巴尖端比较近，形状是长条形的。
