超纯水系统在制备超纯水时，是用反渗透法对进入离子交换树脂的原水预脱盐，然后用超滤和微孔过滤除去水中的微粒和微生物。
在超纯水系统中采用反渗透法制造超纯水的优点为：脱盐率高，产水量大，化学试剂消耗少，劳动强度低，水质稳定，离子交换树脂寿命长，终端过滤器寿命延长；缺点：需要高压设备，原水利用率只有75%-80%，膜要进行定期清洗。
超纯水系统制备超纯水流程有下面几种形式：
①原水→预处理→离子交换→UV→离子交换→MF→用水点
②原水→预处理→离子交换→RO→UV→离子交换→MF→用水点
③原水→预处理→RO→离子交换→UV→离子交换→UF→用水点
④原水→预处理→离子交换→UV-RO/UF→离子交换→MF→用水点
⑤原水→预处理→RO→脱气→离子交换→UV→RO/UF→用水点
⑥原水→预处理→RO→离子交换→UV→RO/UF→用水点
超纯水系统超纯水制备的所有流程均包括预处理、离子交换、紫外线杀菌与膜分离装置，在用水点之前均设有膜分离装置作为终端设备，同时设有循环流程使水质稳定，防止菌类污染。
超纯水系统在制备纯水时注意的问题有：纯水的活度高，极易溶解气体，吸收CO2，所以设备必须严格密封或充氮保护。如采用不锈钢管输送，内表面要经酸洗，尽量缩短输送距离，同时要经常杀菌防止微生物污染。新设备运转前要对整个系统进行灭菌，用活性炭和阳离子交换树脂在温度105oC下，灭菌30-60min，或将树脂转变为钠型后再用0.5%NaCIO溶液浸1-3h，或用0.5%-1%甲醛进行3-8h的循环或浸泡。超纯水系统一般一个月灭菌一次，对制药工业每周灭菌一次。
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