学校无权扣留学生档案，协商不成可向起诉要回。毕业证书是证明学生已按国家要求完成学业，并经过考试考核符合国家相关规定，准予毕业的证明文件，校方无权扣押学生的毕业证书。学生因未按约定期限归还贷款或有其他违约行为，学校可要求学生承担相应的违约责任，履行归还义务、赔偿损失等。如学校仍扣押毕业证书，可以向提起诉讼。应当归档的材料，按照国家有关规定定期向本单位档案机构或者档案工作人员移交，集中管理，任何个人不得拒绝归档或者据为己有。
国家规定不得归档的材料，禁止擅自归档。
法律依据：
《中华人民共和国档案法》
第十三条 直接形成的对国家和社会具有保存价值的下列材料，应当纳入归档范围：
（一）反映机关、团体组织沿革和主要职能活动的；
（二）反映国有企业事业单位主要研发、建设、生产、经营和服务活动，以及维护国有企业事业单位权益和职工权益的；
（三）反映基层群众性自治组织城乡社区治理、服务活动的；
（四）反映历史上各时期国家治理活动、经济科技发展、社会历史面貌、文化习俗、生态环境的；
（五）法律、行规规定应当归档的。
非国有企业、社会服务机构等单位依照前款第二项所列范围保存本单位相关材料。
第十四条 应当归档的材料，按照国家有关规定定期向本单位档案机构或者档案工作人员移交，集中管理，任何个人不得拒绝归档或者据为己有。
国家规定不得归档的材料，禁止擅自归档。
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