报关单超期导致无法按规定退税，但根据相关规定，最后一批出口货物备案清单上海关注明的出口日期可作为申报退税的依据。因此，公司仍有机会办理出口退税。
法律分析
【问题】
我公司因报关单超期而错过了规定的退税申报期，申报时退税审核系统显示已过期不能办理申报。请问，我们还能办理出口退税吗?
【解答】
根据《国家税务总局关于出口退税若干问题的通知》(国税发〔2000〕165号)第一条规定，保税区外的出口企业销售给外商的出口货物，如外商将货物存放在保税区内的仓储企业，离境时由仓储企业办理报关手续的，保税区外的出口企业可凭货物进入保税区的出口货物报关单、仓储企业的出口备案清单及其他规定的凭证，向税务机关申请办理退税。
由于该《通知》同时规定，保税区海关须在上述货物全部离境后，方可签发货物进入保税区的出口货物报关单。对保税区海关在货物离境后根据货物进入保税区的日期签发出口货物报关单，可能造成出口企业申报退税时超过退税申报期而无法退(免)税的问题。
国家税务总局在《关于经保税区出口货物申报出口退(免)税有关问题的批复》(国税函〔2005〕255号)作出解释性规定，对符合国税发〔2000〕165号文件第一条规定的出口货物，出口企业可以最后一批出口货物的备案清单上海关注明的出口日期为准申报退(免)税。
因此，上述公司可凭最近一份出口备案清单向出口退税机关申请办理出口退税。
结语
根据国家税务总局的相关规定，尽管您的公司因报关单超期错过了退税申报期，但根据国税函〔2005〕255号文件的解释性规定，您仍然有机会申请办理出口退税。您可以凭最近一份出口备案清单向出口退税机关提出申请。请尽快办理相关手续，以确保您的权益。如需进一步咨询或协助，请随时与我们联系。
法律依据
中华人民共和国个人所得税法（2018修正）： 第十三条 纳税人取得应税所得没有扣缴义务人的，应当在取得所得的次月十五日内向税务机关报送纳税申报表，并缴纳税款。
纳税人取得应税所得，扣缴义务人未扣缴税款的，纳税人应当在取得所得的次年六月三十日前，缴纳税款；税务机关通知限期缴纳的，纳税人应当按照期限缴纳税款。
居民个人从中国境外取得所得的，应当在取得所得的次年三月一日至六月三十日内申报纳税。
非居民个人在中国境内从两处以上取得工资、薪金所得的，应当在取得所得的次月十五日内申报纳税。
纳税人因移居境外注销中国户籍的，应当在注销中国户籍前办理税款清算。
中华人民共和国税收征收管理法（2015修正）：第三章 税款征收 第三十九条 纳税人在限期内已缴纳税款，税务机关未立即解除税收保全措施，使纳税人的合法利益遭受损失的，税务机关应当承担赔偿责任。
中华人民共和国税收征收管理法（2015修正）：第三章 税款征收 第三十三条 纳税人依照法律、行规的规定办理减税、免税。
地方各级、各级主管部门、单位和个人违反法律、行规规定，擅自作出的减税、免税决定无效，税务机关不得执行，并向上级税务机关报告。
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