自来水公司归水利部门管理。
自来水公司的管理归属于水利部门，具体的管理归属根据投资建设情况而定。如果投资主要来自国家，则由国资委管理，并一般归属于市政管理部门；若投资主要由地方提供，则归地方管理。在农村地区，自来水通常由县（区）、乡（镇）负责管理。此外，村里的自来水也归县（区）、乡（镇）管理，而农村自来水实际上是由城市供水企业生产，由市水利局下属的“农村饮用水办公室”负责管理。
自来水公司的管理体系：
1、组织结构：自来水公司通常设有董事会、监事会和管理层，负责公司的战略规划和日常运营；
2、业务部门：包括生产部门、供水部门、客户服务部门、财务部门等，各司其职，确保供水服务的正常进行；
3、监管机构：自来水公司可能受到城市公用事业管理部门或水务局等机构的监管，需遵守相关法律法规；
4、服务网络：建立起供水网络和服务体系，包括水源管理、水质监测、管网维护和客户服务等；
5、安全保障：制定应急预案，确保供水安全和应对突发事件的能力。
综上所述，自来水公司的管理归属于水利部门，具体归属根据投资建设情况而定，投资主要来自国家则由国资委管理，投资主要由地方提供则归地方管理，农村地区的自来水由县（区）、乡（镇）负责管理，而农村自来水实际上是由城市供水企业生产，由市水利局下属的“农村饮用水办公室”负责管理。
【法律依据】：
《城市供水条例》
第七条
城市建设行政主管部门主管全国城市供水工作。省、自治区城市建设行政主管部门主管本行政区域内的城市供水工作。县级以上城市确定的城市供水行政主管部门（以下简称城市供水行政主管部门）主管本行政区域内的城市供水工作。
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