1.出发点不一样，所要解决的问题不一样。医疗事故鉴定主要是为卫生部门行政执法提供依据，司法鉴定主要是为司法裁判提供依据。2.鉴定的范围不一样。司法鉴定的范围比医疗事故鉴定的范围要宽得多。3.鉴定的程序不一样。当医院方申请医疗事故鉴定和患者方申请司法鉴定发生冲突时，从有利于化解矛盾和提高诉讼效率的角度考虑，应当准许司法鉴定。但关键问题是，进行司法鉴定的也需要有相应的临床医学知识。对于同时存在医疗事故鉴定和司法鉴定，采信权在法官。
一、民事诉讼法关于司法鉴定程序
司法鉴定是指司法机关以及当事人对诉讼中的专门性问题，委托有鉴定权的机构或者鉴定人依法进行检验、评断的活动。2005年2月28日全国常委会通过了《关于司法鉴定管理问题的决定》（以下简称《决定》），并于2005年10月1日起实施。这是我国第一次从管理立法的角度，对司法鉴定制度中所涉及的司法鉴定业务管理范围、管理主体、各类司法鉴定机构与司法鉴定人的管理，以及诉讼主体、鉴定主体在司法鉴定活动中若干行为的管理等问题作了比较全面地规范。
这是《最高人民关于行政诉讼证据若干问题的规定》关于鉴定的相关规定，如符合法定条件，可向申请重新鉴定：第二十九条原告或者第三人有证据或者有正当理由表明被告据以认定案件事实的鉴定结论可能有错误，在举证期限内书面申请重新鉴定的，人民应予准许。
第三十条当事人对人民委托的鉴定部门作出的鉴定结论有异议申请重新鉴定，提出证据证明存在下列情形之一的，人民应予准许：
（一）鉴定部门或者鉴定人不具有相应的鉴定资格的；
（二）鉴定程序严重违法的；
（三）鉴定结论明显依据不足的；
二、医疗纠纷的处理途径是什么
医疗纠纷的处理途径是：
1.医患双方本着自愿、合法、公正的原则，在县人民调解中心医患纠纷调解室负责人的主持下进行调解;
2.患者或其家属可以向县卫生局医政股申请，进行医疗事故技术鉴定;
3.患者或其家属可向县人民提出诉讼申请，由组织安排司法鉴定或医疗事故鉴定，并依据鉴定结论，依法做出民事判决
【本文关联的相关法律依据】
《司法鉴定程序通则》
第十四条司法鉴定机构应当对委托鉴定事项、鉴定材料等进行审查。对属于本机构司法鉴定业务范围，鉴定用途合法，提供的鉴定材料能够满足鉴定需要的，应当受理。对于鉴定材料不完整、不充分，不能满足鉴定需要的，司法鉴定机构可以要求委托人补充;经补充后能够满足鉴定需要的，应当受理。
第二十司法鉴定机构应当自司法鉴定委托书生效之日起三十个工作日内完成鉴定。鉴定事项涉及复杂、疑难、特殊技术问题或者鉴定过程需要较长时间的，经本机构负责人批准，完成鉴定的时限可以延长，延长时限一般不得超过三十个工作日。鉴定时限延长的，应当及时告知委托人。司法鉴定机构与委托人对鉴定时限另有约定的，从其约定。在鉴定过程中补充或者重新提取鉴定材料所需的时间，不计入鉴定时限。
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