1、适用公司不同。境内获准的免税运营商主要有5家，分别为：中免公司、深圳市国有免税商品(集团)有限公司、珠海免税企业集团有限公司、日上免税行(上海)有限公司和新设立的海南省免税品经营公司。而零税率只有中免公司可以在全国范围内的主要机场、港口和边境口岸经营零税率业务，不存在地域，而其他公司则作为区域性或招标试点经营的零税率运营商。
优惠幅度和进项税额抵扣待遇不同。零税率不仅是本交易环节(或流通环节)的增值额部分不用缴纳，而且，以前各交易环节(或流通环节)的累积增值额也不用缴纳，具体通过允许抵扣进项税额来实现。但免税仅仅是本交易环节(或流通环节)的增值额部分不用缴纳，进项税额不允许抵扣，计入交易成本，如果税务和会计上已经抵扣了，需做转出进项税额处理。
税收管理要求有那些？
零税率是税率的一种，只要符合税法规定，就可以适用零税率，并按月向主管退税的税务机关申报办理退(免)税手续。而免税是一项税收优惠，一般需报税务机关备案。
背景不同。零税率根据社会经济发展的一般情况群体的平均承受能力来制定的，适应了普遍性、一般性的要求。但免税在不同产业、不同地区和不同的纳税人、征税对象，往往需要从实际出发，对一些需要扶持、鼓励或照顾的地区、行业、产业或纳税人、征税对象给予特殊的规定，体现的是税收因地制宜、区别对待、合理负担的原则。
综上所述，零税率和免税的区别是，零税率的税率为零，纳税人实际上不需要缴纳税款；而免税是未达到纳税的起征点或者国家给予优惠而不需缴纳税款，是免除纳税人缴纳税款的义务，没有相应的税率。
法律依据：《中华人民共和国暂行条例》第二条税率：
（一）纳税人销售货物、劳务、有形动产租赁服务或者进口货物，除本条第二项、第四项、第五项另有规定外，税率为17%。
（二）纳税人销售交通运输、邮政、基础电信、建筑、不动产租赁服务，销售不动产，转让土地使用权，销售或者进口下列货物，税率为11%：
1.粮食等农产品、食用植物油、食用盐；
2.自来水、暖气、冷气、热水、煤气、石油液化气、天然气、二甲醚、沼气、居民用煤炭制品；
3.图书、报纸、杂志、音像制品、电子出版物；
4.饲料、化肥、农药、农机、农膜；
5.规定的其他货物。
（三）纳税人销售服务、无形资产，除本条第一项、第二项、第五项另有规定外，税率为6%。
