三甲医院可以报销农村合作医疗。
1、新型农村合作医疗报销范围包括在定点医院住院期间产生的药费、检查费、化验费、手术费、治疗费、护理费等；
2、门诊治疗一般不在报销范围内，除非是慢性病门诊治疗；
3、住院费用需达到起付标准后，超过部分按分段计算累加报销，每年有最高限额；
4、生育相关的诊疗费用若在医疗保险范围内也可报销。
农村合作医疗的报销流程：
1、患者在定点医疗机构就诊，出示农村合作医疗证或其他有效证件；
2、医院根据患者的病情和治疗需要，提供相应的医疗服务；
3、医疗费用结算时，医院会根据农村合作医疗的报销比例和规定，直接从患者的合作医疗账户中扣除相应的费用；
4、患者支付个人承担的部分费用，如有超出合作医疗报销范围的费用，也需由患者自行承担；
5、医院将患者的就诊信息和费用明细报送至当地农村合作医疗管理部门，进行审核和结算。
综上所述，三甲医院可以报销农村合作医疗，包括住院期间产生的各项费用，但门诊治疗一般不在报销范围内，除非是慢性病门诊治疗。住院费用需达到起付标准后，超过部分按分段计算累加报销，每年有最高限额。此外，生育相关的诊疗费用若在医疗保险范围内也可报销。
【法律依据】：
《中华人民共和国社会保险法》
第二十六条
职工基本医疗保险、新型农村合作医疗和城镇居民基本医疗保险的待遇标准按照国家规定执行。
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