工伤认定中，用人单位与受伤害者对是否存在劳动关系存在争议，就可能启动劳动仲裁程序。任何一方当事人都可以主动向劳动仲裁机构申请。为了防止工伤认定后当事人再申请仲裁，当事人均未申请的，工伤认定部门应对此予以释明。依据《劳动争议调解仲裁法》，仲裁只能由当事人申请，而不能由工伤认定部门代为申请。劳动仲裁委对劳动关系的裁决，较之工伤认定程序中的事实认定，更专业更权威。为了避免两个程序产生的结果之间的冲突，必然要寻求协调途径。有观点认为，仲裁申请被受理后工伤认定程序应终止，待仲裁裁决作出后再由受伤害者申请认定。还有观点认为，应中止工伤认定程序。笔者认为，后一观点更可取，劳动关系的仲裁可以取代工伤认定中的事实认定环节，两者没有质的区别。仲裁裁决作出后，工伤认定部门即可在此基础上作出决定，而不必待终止后再行申请。
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