进行司法亲子鉴定时，怎样收取费用应该由鉴定机构与申请人协商，协商达成意见的在司法鉴定委托书在载明。
根据《司法鉴定通则》
第十六条司法鉴定机构决定受理鉴定委托的，应当与委托人签订司法鉴定委托书。司法鉴定委托书应当载明委托人名称、司法鉴定机构名称、委托鉴定事项、是否属于重新鉴定、鉴定用途、与鉴定有关的基本案情、鉴定材料的提供和退还、鉴定风险，以及双方商定的鉴定时限、鉴定费用及收取方式、双方权利义务等其他需要载明的事项。
第十七条司法鉴定机构决定不予受理鉴定委托的，应当向委托人说明理由，退还鉴定材料。
一、司法鉴定的程序是什么
根据《司法鉴定程序通则》规定，申请司法鉴定应遵循以下程序：
1、委托
司法鉴定机构和社会专业司法鉴定人接受司法机关的委托，从事委托请求事项的司法鉴定；非诉讼案件鉴定的受托从其行业规定。
(1)司法鉴定机构接受司法机关、仲裁机构的司法鉴定委托。
(2)在诉讼案件中，在当事人负有举证责任的情况下，司法鉴定机构也可以接受当事人的司法鉴定委托。当事人委托司法鉴定时一般通过律师事务所进行。
2、受理
司法鉴定机构收到委托书后，应对委托人的委托事项进行审核，并作出如下决定：
(1)对于符合受理条件的，能够即时决定受理的，司法鉴定机构应当与委托人签订《司法鉴定委托受理合同》；
(2)不能即时决定受理的，应当向委托人出具《司法鉴定委托材料收领单》，在收领委托材料之日起7日内对是否受理作出决定；
(3)对于不符合受理条件的，决定不予受理的，应当退回鉴定材料并向委托人说明明理由；
(4)对于函件委托的，司法鉴定机构应当在收到函件之日起7日内作出是否受理的书面答复。
3、初次鉴定
鉴定机构受理案件后，应当指派具有社会专业司法鉴定资格的人员承担鉴定工作，同一鉴定事项应当由两名具有社会专业司法鉴定资格的人员进行。
4、补充鉴定
司法鉴定机构接受委托进行补充鉴定，应当对委托人请求的事项进行审查，不属《司法鉴定程序通则》第三十条规定的情形，社会专业司法鉴定机构应当向委托人说明情况，并退回委托书。
二、交通事故司法鉴定注意什么手续
交通事故的受害人自行委托司法鉴定的，需要出向鉴定机构出具委托书，并且提供相关材料，如诊断证明、身份证明等。
《司法鉴定程序通则》
第十二条委托人委托鉴定的，应当向司法鉴定机构提供真实、完整、充分的鉴定材料，并对鉴定材料的真实性、合法性负责。司法鉴定机构应当核对并记录鉴定材料的名称、种类、数量、性状、保存状况、收到时间等。
诉讼当事人对鉴定材料有异议的，应当向委托人提出。
本通则所称鉴定材料包括生物检材和非生物检材、比对样本材料以及其他与鉴定事项有关的鉴定资料。
第十四条司法鉴定机构应当对委托鉴定事项、鉴定材料等进行审查。对属于本机构司法鉴定业务范围，鉴定用途合法，提供的鉴定材料能够满足鉴定需要的，应当受理。
对于鉴定材料不完整、不充分，不能满足鉴定需要的，司法鉴定机构可以要求委托人补充；经补充后能够满足鉴定需要的，应当受理。
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