同居关系子女抚养的协议有效。只要双方签协议行为的意思表示真实；该协议约定的内容不违反法律、行规的强制性规定，不违背社会公序良俗，且双方是完全民事行为能力人，签订协议后有经过双方签字确认，并注明日期，该非婚生子女抚养权协议书具有法律效力。
法律依据:
《民法典》第一百四十三条
具备下列条件的民事法律行为有效：
（一）行为人具有相应的民事行为能力；
（二）意思表示真实；
（三）不违反法律、行规的强制性规定，不违背公序良俗。
第一百四十四条
无民事行为能力人实施的民事法律行为无效。
