新生儿生理性黄疸可并发败血症、新生儿肺炎、胆道闭锁、母乳性黄疸等疾病，有些极低出生体重儿有可能发生胆红素脑病。
胆红素脑病是由于血中胆红素增高，主要是未结合胆红素增高，进入中枢神经系统，在大脑基底节、视丘下核、苍白球等部位引起病变。当血清胆红素〉342umok/L（20mg/dk）就有发生核黄疸的危险，主要表现为重度黄疸肌张力过低或过高、嗜睡、拒奶、强直、角弓反张、惊厥等症状。
本病多由于新生儿溶血病所致（母婴血型不合最多，葡萄糖-6-磷酸脱氢酶缺陷次之），黄疸、贫血程度严重者易并发胆红素脑病。如已出现胆红素脑病，则治疗效果欠佳，后果严重，容易遗留智力低下、手足徐动、听觉障碍、抽搐等后遗症。
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