由造血环境出现异常而产生的疾病：骨髓中造血组织减少，红骨髓总容量减少，以脂肪组织代替，使全血细胞减少。另外，若造血微环境发生改变，也不利于血细胞的正常生长发育这些就是再生障碍性贫血的病因。
还有生活中免疫功能出现异常：在临床上为患者作骨髓移植时，多数病人可因输同基因骨髓才能恢复造血功能。这也是导致再生障碍性贫血的病因之一。
患者出现造血干细胞减低症状：这是在患者的临床上大量实验研究证明造血干细胞缺乏或有缺陷是引起再生障碍性贫血的病因的主要原因。至少有50%以上的再障是由于造血干细胞缺乏引起的。通常将骨髓造血干细胞比做“种子”，它可以增殖、分化、发育成为红细胞、粒细胞和血小板。若造血干细胞缺乏，可使全血细胞减少。这些再生障碍性贫血的病因比较常见。
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